La Basilica di San Vincenzo Maggiore poi, per bellezza e dimensioni, era certamente un unicum in tutto il meridione d’Italia. Comprendeva la chiesa, originariamente dedicata alla Vergine, delle officine che si addossavano sulle mura e la Cappella di Santa Restituta. La cripta della basilica, parzialmente sotterranea, ha un corridoio ricoperto da una volta a botte e termina in una camera nella quale erano collocate le reliquie di San Vincenzo, forse in una grande urna, forse all’interno di un sarcofago. Era molto probabilmente decorata con affreschi.
La Cappella di Santa Restituta risale all’ultimo quarto dell’XI secolo, ed è un edificio a tre navate con tre absidi, di pianta quasi quadrata. La navata centrale è molto larga, quasi quattro metri ed è separata dalle navate laterali da quattro coppie di colonne. Fu eretta a memoria del monastero quando si avviarono i lavori per la sua demolizione e riedificazione sulla riva destra del fiume Volturno.
La basilica fu consacrata nell’808, con un impianto a tre navate, ognuna delle quali presenta la propria abside. Le pareti della basilica molto probabilmente, in origine, erano interamente affrescate. Il complesso detto di San Vincenzo Minore, invece, comprende differenti ambienti, ma la Cripta di Epifanio è certamente quello più importante e interessante.